Actualmente existen muy escasos datos publicados acerca de su historia.
A juzgar por los restos encontrados, que abarcan períodos desde el Neolítico hasta la Edad Media, la zona ha mantenido constantemente la ocupación humana.
Como el resto de la comarca, estuvo poblada por los suessetanos, una rama del tronco belga del árbol de los celtas, llegados a la zona hacia el año 600 antes de nuestra era, y que están detrás de la propia etimología céltica del nombre del pueblo. Como el resto del territorio suessetano, debió sufrir la acometida de Terencio Varrón, y su territorio fue incorporado al de los vascones, vecinos occidentales y tradicionales enemigos de los suessetanos.
La romanización fue muy intensa en la zona, como atestiguan los restos existentes en el río Arba de una antigua presa que suministraba agua potable a la ciudad de Los Bañales, ya en término de Uncastillo.
También se conserva parte de una lápida funeraria en uno de los muros exteriores de la iglesia parroquial.
Con la caída del Imperio romano, la zona debió sufrir fuertes convulsiones, motivadas por las tribus vasconas, poco romanizadas, y por diversos movimientos de tipo social, como el de los bagaudas, convirtiéndose de hecho en retaguardia inmediata de la zona de combates entre vascones y visigodos. En dos o tres puntos son visibles algunas hiladas de piedra toscamente tallada, de gran tamaño, posiblemente resto de pequeñas murallas prerromanas.
En el año 711, con la invasión de los musulmanes, la zona de Malpica debió quedar rápidamente bajo el control de éstos, por medio de la sumisión del conde visigodo Casio.
Desde los inicios de la reconquista cristiana, la zona queda bajo la dependencia feudal de Navarra, quedando Malpica desde el primer momento como parte integrante de la villa de Uncastillo, en tanto que aldea de la misma. Comparte así la rica historia de esta última villa.
Se conoce la existencia, desde al menos mediados del siglo XVI, de una cofradía que toma el nombre de la patrona del pueblo, Cofradía de Nuestra Señora de Diasol, disuelta seguramente a finales del siglo XIX.
Algunos estudios hacen constar el paso de la comitiva del pretendiente carlista por Malpica, con motivo de la llamada Expedición Real, tras haber procedido a algunas destrucciones en Uncastillo, pareciendo que tal vez el autoproclamado Carlos VI pernoctara en la localidad.
A finales del siglo XIX, Malpica se constituye en ayuntamiento autónomo, coincidiendo con sus momentos de mayor esplendor humano, situación que mantiene hasta 1970.
